بدأ عام 1967 وسط توقّعات أكيدة بأنّه لن يشهد حربًا. وساد الاعتقاد في إسرائيل بأن عبد الناصر استخلص عِبر 1956 وبأنّه لن يخوض حربًا إلا إذا كان مستعدًا لذلك. وعلى كل حال، كان واضحًا أن العلاقات بين عبد الناصر والأردن كانت سيئة جدًا وأن احتمال إقامة تحالف بين عبد الناصر والملك حسين غير وارد. ولكن تسلسل الأحداث بسرعة أثبت أنّ هذه التوقعات كذبة. وكان اشتباك جويّ أُسقِطت خلاله 13 طائرة سورية في الوقت الذي اعتُبرت فيه سوريا أكبر دول حليفة لروسيا في الشرق الاوسط بمثابة المؤشر على بداية الحرب. وبتشجيع من الاتحاد السوفياتي، قام عبد الناصر بتعبئة وبإرسال 100،000 جندي إلى سيناء. وطالب عبد الناصر السكرتير العام للأمم المتحدة بسحب قوات الطوارئ الدولية حالا، وحقّق ، وربّما بشكل فَجّأه أيضًا، نجاحًا في ذلك إذ غادرت قوات الطوارئ المنطقة على الفور. ثم أعلن عبد الناصر عن إغلاق مضايق تيران أمام حركة الملاحة الإسرائيلية مما شكّل دافعًا واضحًا للحرب. واستكمل عبد الناصر خطواته باستفزاز يتسحاق رابين، رئيس هيئة الأركان في ذلك الحين: "ضعوه يجئ، إنّني أنتظره". وفي الوقت نفسه تمكّن عبد الناصر من تحقيق التنسيق الوثيق مع الجيش السوري. وتوجّه الملك حسين في تحول مفاجئ إلى مصر حيث وقّع اتفاقًا وُضعت بموجبه القوات الأردنية تحت إمرة القيادة المصرية. وقد كلّفه ذلك بفقدان نصف مملكته.
إنتظرت إسرائيل والتي قامت بتعبئة عامّة لقوات الاحتياط وكانت أعصابها متوترة وعلى وشك الانهيار، انتظرت ثلاثة أسابيع طويلة. وكانت الأوضاع تختلف عمّا كانت عليه 1956؛ فكانت إسرائيل وحدها تواجه تحالفًا عربيًا قويًا. وامتنعت الدول العظمى رغم وعودها الغامضة عن اتخاذ أي خطوات بهدف إعادة فتح المضايق فقرّرت إسرائيل المضي قدمًا وحدها.
في ال5 من حزيران يونيو 1967 شوهد على شاشات الرادار الأردنية سرب طائرات في طريقه من مصر إلى إسرائيل. وبعد أن أقنع المصريون الملك حسين بأنّ هذه الطائرات هي طائرات مصرية، أصدر الملك حسين أوامره بالمهاجمة على الفور- في القدس! وبالفعل كانت هذه الطائرات طائرات إسرائيلية في طريق عودتها من مصر حيث وجّهت ضربة مدمّرة لسلاح الجو المصري والذي فوجئ بالغارة: فبعد السخر من رابين لم تكن مصر مستعدّة لوصوله.
خلال فترة وجيزة استمرت ستة أيام، اجتاح جيش الدفاع الإسرائيل شبه جزيرة سيناء وصولا إلى قناة السويس؛ واستولى على الضفة الغربية بأسرها حتّى نهر الأردن؛ وخلال الأيام الأخيرة، دون استغلال مبدأ المفاجأة، استولى على جزء كبير من هضبة الجولان، بما في ذلك جبل الشيخ الذي أصبح من ذلك الحين فصاعدًا "عيني وأذني إسرائيل". وكان الاستيلاء على البلدة القديمة من أورشليم القدس والعودة إلى أقدس مكان لليهود- حائط المبكى، أهم حدث في الحرب. وسُمع صدى النفخ ببوق الشوفار في باحة حائط المبكى في أقصى العالم.
قُتل في حرب الأيام الستة 776 جنديًا إسرائيليًا.
رغم أنّ جميع أذرع الجيش أدّت مهامها بشكل جيد، فإن سلاح الجو لعب للمرة الأولى دورًا حاسمًا، إذ أنّ جعْل الأجواء خالية من طائرات العدو في البداية أفسح المجال أمام حصول جميع التطورات اللاحقة. فكانت هذه حربًا لسلاح الجو.
إنتهت بدون نتيجة المساعي الدبلوماسية لوضع حد للنزاع الذي استمرّ حتى ذلك الحين 40 سنة والذي سبق إقامة الدولة بأكثر من عقدين. ففي تشرين الثاني نوفمبر 1967، بعد مرور أشهر من المداولات، صادق مجلس الامن الدولي بالإجماع على قرار 242، والذي يدعو إلى سلام والاعتراف "بحق أي دولة في العيش بسلام ضمن حدود آمنة ومعترف بها" مقابل انسحاب إسرائيل من "اراضٍ" وليس من "جميع الأراضي" أو "الأراضي التي احتلّتها خلال العمليات العدائية الأخيرة". ورغم ذلك، تبنت الجامعة العربية خلال قمتها في السودان (1967) قرارًا آخر، "اللاءات الثلاث" في قمة الخرطوم: لا للسلام، لا للتفاوض ولا للاعتراف بإسرائيل.