تقع مدينة خان يونس في الجزء الجنوبي من الساحل الشرقي للبحر الأبيض المتوسط عند التقاء دائرة عرض 31.21 شمالا وخط طول 34.18 شرقا، وهي بذلك تقع في أقصى جنوب غرب فلسطين على بعد 13كم من الحدود المصرية، تتمتع بموقع جغرافي هام فهي بوابة فلسطين الجنوبية وتعتبر المدينة مركزاً إدارياً وتعليمياً لجنوب قطاع غزة تتركز فيها الكثير من الدوائر الحكومية وعشرات المدارس لمختلف المراحل الدراسية وللبنين والبنات استولت سلطات الإحتلال على جزء كبير من أراضيها لبناء المستوطنات عليها. وتشكل مجمعة مستعمرات غوش قطيف التي تمتد بطول الساحل ابتداءاً من حدود دير البلح إلى الحدود الدولية في رفح أكبر تجمع إستيطاني في قطاع غزة وهي تستولي على معظم أراضي خانيونس الغربية وتفصل المدينة والمخيم عن شاطئ البحر .
وتشترك مدينة خانيونس مع مدينة غزة في أهمية موقعها، حيث تقع في منطقة التقاء الأراضي الخصبة في السهل الساحلي الفلسطيني وكل من البيئات الصحراوية في النقب شرقا وصحراء سيناء جنوباً، كما شكل موقعها جسراً للغزوات الحربية والقوافل التجارية بين كل من الشام والعراق وجزيرة العرب وبين مصر وبالعكس، ولهذه الأسباب تكالبت الكثير من الأمم على السيطرة عليها.
وعن أصل تسمية المدينة بهذا الاسم فان اسمها يتكون من كلمتين: الأولى " خان" بمعنى "فندق"، والثانية "ويونس" نسبة إلى الأمير يونس التوروزي الداودار، وكان الخليفة الأموي عمر بن عبد العزيز أول الخلفاء الذين اتخذوا الخانات لراحة المسافرين، وانتشرت هذه الخانات ومن بينها خانيونس الذي جاءت منه اسم المدينة إلا أن بعض المؤرخين يرجحون أن يكون الاسم القديم هو جنيس، كما ذكرها هيرودوت وعلى أي حال فان خانيونس الحالية مدينة حديثة النشأة إذ لا يزيد عمرها عن ستمائة سنة.
وقد أرسل السلطان المملوكي برقوق ، حامل أختامه ، الأمير يونس التوروزي الداوداري لبناء قلعة ، وتم بناء القلعة التي تحمل اسم برقوق ( منقوش على بوابتها 789 هـ الموافق 1387م ) .
وقد نشأت خانيونس على أنقاض مدينة قديمة ، عرفت باسم جنيس ، وخان يونس الحالية مدينة حديثة النشأة ، في عهد المماليك ، حيث ازدهرت التجارة العالمية قديما عبر دولة المماليك في المشرق العربي . والهدف من بنائها هو حماية خطوط المواصلات العسكرية وقوافل التجارة بين مصر وبلاد الشام زمن المماليك .
بتاريخ 11/12/1516م وقعت معركة بين الجيش العثماني بقيادة سنان باشا والحملة المملوكية بقيادة جانبردي الغزالي ، وقد هزم المماليك في منطقة خانيونس ، ويقال أن من ساعد العثمانيين في المعركة بدو سيناء وعلى رأسهم الشيخ ابن البريق . حيث تقدم السلطان سليم الأول إلى مصر سنة 1517م ودخلها .
ظهرت الحركة الوطنية الفلسطينية ضد العثمانيين بقيادة ضاهر العمر الزيداني وأبنائه واستمرت حوالي ثمانين عاما خلال القرن الثامن عشر وامتد نفوذهم من حدود جبل عامل شمالا ، إلى أطراف جبال القدس جنوبا ، ومن البحر المتوسط غربا ، إلى جبل عجلون شرقا، وكانوا يحكمون وفقا للتقاليد القبلية . وقد أيده كل من خليل اغا جاسر " حاكم القلعة" وهو زعيم في منطقة خانيونس ، وعبد الرحمن اغا جاسر في إقامة دولة فلسطينية سنة 1774م ، ونتيجة لذلك اعدم خليل اغا جاسر ، وعبد الرحمن اغا جاسر .
بعد استيلاء القوات الفرنسية على مصر بقيادة نابليون بونابرت، توجه إلى بلاد الشام لفتحها سنة 1799م، وعند وصول جيشه إلى العريش ، ذهب نابليون بمجموعة من جنده في استطلاع أمام جيشه ودخل مدينة خانيونس ولم يعرفه الناس ، ولكنه استشعر الخطر وتجنبه، ولو عرف العرب حقيقته والقوا القبض عليه لتغير مجرى التاريخ من خانيونس .
بتاريخ 28/شباط/ 1917م دخل الإنجليز مدينة خانيونس ومنها توجهوا إلى غزة وبئر السبع.
بتاريخ 30 أغسطس 1936م أعلنت اللجنة العربية العليا استمرار الإضراب العام ، وتبعا لذلك نقلت السلطات البريطانية المقاتلين الفلسطينيين إلى مناطق أخرى من فلسطين ، وحرمتهم من العودة إلى مدنهم وقراهم لفترات متفاوتة ، وكانت هناك مقاومة عنيفة ضد البريطانيين في مدينة خانيونس وحولها ، يقودها عبد سليم أغا ، وقد تم استشهاده ، ونقل العديد من المناضلين من خانيونس إلى منطقة طبرية " سمخ " وهم عبد الرحمن الفرا ومصطفى حسن الفرا ( المختار ) والشيخ سعيد الاغا ، وهو إمام المسجد الكبير ، والحاج سليم الاغا ، والشيخ فهمي الاغا ، ابعد إلى الحولة ، وكان في ضيافة آل الرفاعي ( خالد احمد الرفاعي ) ابن أخت زعيم الحولة كامل الحسين .
في سنة 1948م دخلت القوات المصرية خانيونس ومنها اتجهت إلى غزة وبئر السبع.
بتاريخ 31/6/1955م دخلت قوات إسرائيلية حدود سنة 1948م ووصلت إلى مركز خانيونس وارتكبت مذبحة ذهب ضحيتها 55 شرطيا وعسكريا فلسطينيا وعلى رأسهم الرائد شرطة/ مصباح عاشور .
في سنة 1956م خلال العدوان الثلاثي على مصر ، احتلت القوات الإسرائيلية خانيونس،وحدثت مذبحة راح ضحيتها 560 فلسطينيا .
في سنة 1967م احتلت القوات الإسرائيلية خانيونس.
خرج الاحتلال الإسرائيلي ودخلت قوات الأمن العام الفلسطينية مدينة خان يونس بتاريخ 11-5-1994 بقيادة العميد / أحمد مفرج ( أبو حميد ) .
محافظ خانيونس حسني زعرب
مناطق مدينة خانيونس
مساحة المدينة 51 ألف كيلو متر مربع (دونم)
ويقطنها حوالي 200 ألف نسمة
وتنقسم إداريا إلى 17 قسم
1_حي المواصي مساحته 11 ألف دونم ويقطنه 7 آلاف مواطن ويقع على البحر المتوسط
2_منطقة المستوطنات وسنتحدث عنها لاحقا
3_حي السطر مساحته 3555 دونم ويقطنه 11 ألف مواطن
به مسجد جعفر _ مسجد الصفا _ مسجد الهداية _ مسجد العودة
صالة أفراح بانوراما
4_منطقة الكتيبة 1257 دونم ويقطنها 8510 مواطن
مسجد الكتيبة ومسجد سع بن أبي وقاص
مدرسة عيد الأغا الابتدائية
جمعية الشابات المسلمات
5_حي الأمل 550 دونم ويقطنه 14589 مواطن
مسجد أبو بكر الصديق ومسجد الرحمة ومسجد حسن البنا
مدرسة الشروق الابتدائية ومدرسة عبد الله صيام الابتدائية
ومدرسة هارون الرشيد الثانوية