أسستها كمدرسة ابتدائية عام 1924 السيدة نبيهة ناصر، وكانت مدرسة ابتدائية للفتيات من بيرزيت والقرى المجاورة, فكانت واحدة من أول المدارس في تلك المنطقة.
في عام 1930 اصبحت مدرسة ثانوية للبنين والبنات. وفي عام 1932 أصبح اسمها "مدرسة بيرزيت العليا". وفي عام 1942 تغير إلى "كلية بيرزيت" برغم كونها مدرسة ثانوية،. وفي عام 1953 أضيف للكلية الصف الجامعي الأول وثم عام 1961 الصف الجامعي الثاني ، فكانت تؤهل الطلبة لاستكمال الدراسة في الجامعات الاخرى في البلاد العربية.
وفي 1972 خطط لتطوير الكلية لتصل فترة الدراسة إلى أربع سنوات تؤدي إلى درجة البكالوريوس في الآداب والعلوم، كما بدء في بناء حرم جامعي جديد على مشارف بلدة بيرزيت.
أضيف الصف الجامعي الثالث في العام 1975 وتحول اسم الكلية إلى "جامعة بيرزيت". وكان فيها كلية الآداب وكلية العلوم. وتخرج الفوج الأول من حملة شهادة البكالوريوس عام 1976.
اصبحت الجامعة عام 1976 عضوا في اتحاد الجامعات العربية كما قبلت في عام 1977 عضوا في الاتحاد العالمي للجامعات.
اضيفت كلية التجارة والاقتصاد عام 1978 و كلية الهندسة في العام الدراسي 1980, وأضيف برنامج الماجستير في التربية في العام 1977.
اغلقت الجامعة على يد القوات الاسرائيلية مع بداية الانتفاضة الفلسطينية الاولى، وعاودت فتح ابوابها عام 1991.
كما أضيفت كلية تكنولوجيا المعلومات في العام 2006 لتضم تخصص علم الحاسوب وهندسة انظمة الحاسوب وبدا العمل في بناء مبنى مستقل للكيلة في فبراير 2007